合肥市妇幼保健所前身是1953年建立的市儿童健康指导所，同年9月经安徽省卫生厅批准，易名为合肥市儿童保健所。1954年4月1日合肥市儿童保健所正式对外开展工作。文化大革命期间，由于极左路线的影响，合肥市儿童保健所于1969年11月19日被撤销，人员分散。1975年4月经合肥市革委会批准，成立合肥市妇幼保健所，隶属市卫生局领导，定编10人，1976年合肥市妇幼保健所正式运行。1985年经合肥市编委正式定编为59人。为了适应合肥市城市建设需要和群众的妇幼保健需求，经合肥市卫生局批准，2001年成立了合肥市妇幼保健所高新开发区分所，2002年成立了合肥市妇幼保健所新站试验区分所。2006年12月25日，合肥市妇幼保健所从原六安路68号迁往新址--合肥市妇幼保健中心 (益民街15号)办公。
迁址后的市妇幼保健所保留原有建制和管理关系，坚持以群体保健工作为基础，面向基层、预防为主，为妇女儿童提供健康教育、预防保健等公共卫生服务，包括完成各级政府和卫生行政部门下达的指令性任务；掌握本辖区妇女儿童健康状况及影响因素，协助卫生行政部门制定本辖区妇幼卫生工作的相关政策、技术规范及各项规章制度；受卫生行政部门委托对本辖区各级各类医疗保健机构开展的妇幼卫生服务进行检查、考核与评价；负责指导和开展本辖区的妇幼保健健康教育与健康促进工作；组织实施本辖区母婴保健技术培训，对基层医疗保健机构开展业务指导，并提供技术支持；负责本辖区孕产妇死亡、婴儿及5岁以下儿童死亡、出生缺陷监测、妇幼卫生服务及技术管理等信息的收集、统计、分析、质量控制和汇总上报；受卫生行政部门委托对托幼园所卫生保健进行管理和业务指导；开展妇女保健服务和儿童保健服务等。在履行公共卫生职责的同时，开展与妇女儿童健康密切相关的基本医疗服务。
经过几代人不懈的努力，合肥市妇幼保健所及合肥市的妇幼保健事业都有了很大的发展。目前，合肥市妇幼保健所现有办公业务用房3500平方米，另在高新开发区和新站实验区租有420平方米的业务用房。设有办公室（含医教、宣教、信息）、组人科、宣传科、财务科、门诊部、妇女保健科、儿童保健科、高新区分所、新站区分所等科室部门。截止2007年底，在编职工55人，各类专业技术人员48人，其中高级职称5人，中级职称17人，初级职称26人。各类聘用人员15人。拥有公务车、血液分析仪、生化分析仪、B超、微量元素分析仪、多标计免疫分析系统等万元以上设备36（台、套）。